Il moltiplicarsi delle Case di Preghiera ha fatto sorgere una necessità di comunione fra di loro. Da tale necessità si sono costituite le comunità famigliari i cui membri si riuniscono una volta al mese per creare amicizia e condivisione. L’incontro di comunità famigliare è stato chiamato ‘Agapito’ = incontro con L’Amato e con gli Amati; è un momento di grazia, di crescita, di conoscenza reciproca per il membro della Koinonia Giovanni Battista.
A capo della Comunità Famigliare c’è un coordinatore che si prende cura del buon andamento della Comunità Famigliare e della crescita di ogni membro.