La Koinonia Giovanni Battista è strutturata in una federazione che riunisce le singole comunità denominate Koinonia Giovanni Battista sparse in tutto il mondo dedite alla nuova evangelizzazione.
Ogni Koinonia è strutturata in Oasi/Regioni e Realtà costituite da:

- Comunità familiari formate da membri raggruppati per territorio che, pur vivendo nelle loro case, partecipano alle attività e servizi comunitari dell’Oasi di appartenenza e promuovono le Case di preghiera, attirando a Cristo i fratelli lontani dalla fede.

- Nuclei familiari che, rispondendo ad una chiamata del Signore, si dedicano a tempo pieno all’interno della comunità svolgendo ministeri specifici.

- Comunità di vita che vivono nella stessa area logistica mettendo tutto in comune in un clima intensamente comunitario e distinte in:

- nuclei celibatari formati da fratelli e sorelle, che hanno risposto alla chiamata del Signore Gesù a seguirlo nella consacrazione attuata attraverso gli impegni di castità, povertà e obbedienza;
- nuclei familiari i cui membri hanno risposto alla chiamata del Signore Gesù vissuta nell’amore sigillato dal sacramento del matrimonio.