La Koinonía Juan Bautista estructurada en una federación, que reune a las diferentes comunidades de la misma difusas por todo el mundo, puede tener diferentes configuraciones: Oasis, Regiones y Realidades, todas ellas constituidas por:
- Casas de Oración (CdO): encuentros de evangelización en pequeños grupos que se celebran periódicamente en casas privadas, animados por la familia anfitriona, destinados a los hermanos alejados de la fe;
- Comunidades Familiares (CF): pequeñas comunidades de alianza formadas por miembros agrupados por territorio, que viven en sus casas y participan de las actividades y los servicios comunitarios de la Koinonía a la que pertenecen;
- Personas y familias a tiempo completo que, respondiendo a una llamada del Señor, se dedican completamente a las actividades de la comunidad con ministerios específicos;
- Comunidades de vida: personas que viven en el mismo área logística poniendo todo en común en un clima comunitario a su vez diferenciados en:
      - núcleos célibes formados por hermanos y hermanas que han respondido a la llamada del Señor Jesús a seguirlo en la consagración realizada a través de los compromisos de castidad, pobreza y obediencia;
      - personas que han respondido a la llamada del Señor Jesús a seguirlo en la consagración realizada a través de los compromisos de castidad, pobreza y obediencia viviendo en el mundo solos o en pequeños núcleos de convivencia;
      - núcleos familiares cuyos miembros han respondido a la llamada a la vida comunitaria vivida en el amor conyugal, según los diferentes grados de el compartir.